組織
当会は技術を主体とする民間団体です。使命とする船級事業は公共性の高いものですので、営利を目的としない団体、つまり、民法第34条に定める公益法人のうちの財団法人組織を採っています。
理事会
理事会は当会の最高決議機関です。理事会を構成するメンバーは、船舶所有者、船体もしくは機関の製造業者、海上保険業者及び海事関係団体の各代表者並びにその他の者から選ばれています。これは、関係業界の間に立って、いずれにも偏しない第三者的立場から公正な判断を行う船級協会たる当会の性格に由来しています。
理事会では、船級の登録及び検査の審議決定、船級及び検査に関する規則の制定改廃、品質マネジメントシステム及び環境マネジメントシステムの審査登録、事業計画及び収支予算、事業報告及び財務諸表、評議員の選出、その他重要事項を審議、決裁します。また、理事の互選によって会長、副会長（２名）及び常務理事（４名）の常勤役員を選任して、これらの常勤役員が日常業務の執行に当たります。
会長 上田 德
副会長 北田 博重
副会長 松井 敏友
常務理事 角張 昭介
常務理事 冨士原 康一
常務理事 米家 卓也
常務理事 中村 靖
監事
監事は、当会の財産、会計及び業務執行状況についての監査を行います。
評議員会
評議員会は、船舶所有者、船体もしくは機関の製造業者、海上保険業者及び海事関係団体の各代表者並びに本会の目的に関して識見を有する者から理事会にて選出された評議員により構成されています。
評議員会では、役員（理事及び監事）の選任を行うほか、基本財産の処分、寄附行為の変更、事業計画及び収支予算、事業報告及び財務諸表について、議決ないしは同意を行い、その他会長の諮問に応じて必要な事項について審議し、会長に助言を行います。
船級委員会
船級委員会は、役員または船舶所有者、船体若しくは機関の製造業者、海上保険会社、または海事関係団体から選任された役員が指名し、理事会によって承認された委員で構成されています。
この委員会では、理事会の委任に基づき、船級の登録及び船舶の検査について審議及び決議するため、毎月1回開催されています。
技術委員会
技術委員会は、理事会の推薦を受けた関係業界、学界の学識経験者で構成されています。
この委員会は、船級及び検査に関する技術規則の制定改廃に係わる技術事項、会長の諮問、または技術委員の提案にかかるその他の技術事項を審議しています。
品質委員会
品質委員会は、理事会の推薦を受けた船舶所有者、船体等の製造業者、機関等の製造業者、試験検査業者、保険業者及び学識経験者並びに審査登録機関の各分野からの委員で構成されています。
この委員会は、理事会の委任に基づき、品質及び環境マネジメントシステムの審査登録について審議及び決議するため、毎月１回開催されています。当委員会は労働安全衛生マネジメントシステムの審査登録に関する検討も行います。
本部及び支部・事務所
本部を東京（管理センター）及び千葉（研究センター及び情報センター）に置き、支部または事務所を国の内外の造船地、港湾などに置くほか、海外の主要港に検査員を配置しています。